Aux termes de l’ordonnance n°59-043 du 31 mars 1959 qui le crée et du décret 78-085 du 1^er février qui l’organise, le Contrôle financier a pour mission principale :

• Le suivi des opérations budgétaires de l’Etat par le visa préalable qu’il appose sur les actes  ayant une incidence financière ;
• Le contrôle des personnes morales de droit public (établissements publics à caractère industriel et commercial, établissements publics administratif, établissements publics de Santé, agences d’exécution) ;
• Le contrôle des personnes morales de droit privé (sociétés nationales, sociétés à  participation publique, majoritaire comme minoritaire).L’exercice du contrôle dans les personnes morales se fait par la participation aux sessions des organes délibérant de ces structures (conseils d’administration, conseils de surveillance et assemblées générales). Cette participation donne lieu à des comptes rendus et notes particulières dressés par les contrôleurs d’Etat et destinés à Monsieur le Président de la République.
• Le suivi de la gestion des collectivités décentralisées ;
• La production d’avis sur les projets de lois et de règlements et, de façon générale, sur toutes les questions que les autorités désirent soumettre à son appréciation pour une gouvernance vertueuses et performante.